Candidat du bloc des gauches, il est élu à Versailles président de la République, le 17 janvier 1906, par 499 voix contre 371 à Paul Doumer, président de la Chambre. Il s'installe à l'Élysée un mois plus tard, le 18 février.
Instrument entre les mains de Clémenceau pour ses ennemis, président républicain pour les autres, Armand Fallières fut durant son septennat fidèle au rôle d'arbitre que la constitution lui attribuait.
Ce républicain modéré et provincial, cet homme attaché à ses racines et son terroir gascon, au physique de bon gros qui rassure, incarne la République tranquille et triomphante. Il deviendra, par son parcours politique comme par son comportement, le modèle parfait, l'idéal-type du présidentiable dans lequel se reconnaissent les diverses catégories de citoyens.
Par ses nombreux voyages à l'étranger et les réceptions de souverains qu'il ne cessa d'organiser, le président Fallières travailla à consolider la Triple entente entre la France, la Russie et l'Angleterre face à l'Allemagne désireuse de rompre son isolement et d'étendre son empire colonial.
A l'intérieur, son septennat fut sans histoire. Si ses initiatives demeurèrent discrètes, comme l'exigeait sa fonction au-dessus des partis, il a su choisir avec discernement les hommes qui dirigèrent le gouvernement : Clémenceau, Briand, Caillaux et Poincaré. Doté d'un jugement sûr et d' « une intelligence la plus avertie » selon Édouard VII d'Angleterre, Armand Fallières ne fut vraiment antipathique au public que lorsqu'il gracia Soleilland.